Dengan lokasi proyek baru, tidak diperlukan bangunan bersisi lima, tetapi pada titik ini, sudah terlambat untuk memulai kembali dengan desain sehingga mereka mempertahankan bentuk yang tidak biasa. Somervell berhasil meyakinkan Roosevelt untuk membuat gedung itu cukup besar untuk menampung 35.000 pekerja, 15.000 lebih banyak dari yang diinginkan Presiden, menurut The Washington Publish. Mereka mulai bekerja pada 11 September 1941, dan hanya tujuh bulan kemudian karyawan Departemen Perang pertama pindah, sementara konstruksi berlanjut di sisa bangunan, menurut Stay Science.

Mereka menyelesaikan bangunan hanya dalam 16 bulan di bawah pengawasan Kolonel Leslie Groves, yang akan memimpin Proyek Manhattan, yang menghasilkan bom atom pertama, menurut Departemen Pertahanan AS. “Terlahir karena kebutuhan, dibangun dengan tergesa-gesa, dan ditempati bagian demi bagian, itu ternyata menjadi bangunan yang jauh lebih baik daripada yang diperkirakan atau berhak diharapkan siapa pun,” sejarawan militer Alfred Goldberg menduga dalam “The Pentagon: The First Fifty Bertahun-tahun.”